Pada proses awal pendiriannya, IAIN Jember merupakan perwujudan dari gagasan dan hasrat umat Islam untuk mencetak kader pemimpin dan intelektual muslim bagi kepentingan perjuangan bangsa. Bermula dari hasil keputusan konferensi Ulama Syuriyah NU Cabang Jember untuk mendirikan perguruan tinggi Islam di Jember pada 30 September 1964, kemudian dibentuk Panitia, terdiri dari: (1) KH. Achmad Siddiq (2). KH. Shodiq Machmud, SH (3) Muljadi (4) KH. Abdul Chalim Muhammad, SH (5) Drs. Sru Adji Surjadi, dan (6) Maqsun Arr, BA. Selanjutnya, pada awal tahun 1965 berdirilah Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Djember (IAID). Konsultasi terus dilakukan antara KH. Achmad Siddiq dan KH. Sodiq Machmud, SH dengan Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (Prof. Mr. Soenarjo) dan Menteri Agama (Prof. KH. Saifuddin Zuhri) untuk menjajaki kemungkinan penegerian Fakultas Tarbiyah IAID.
Pada tanggal 21 Pebruari 1966 Fakultas Tarbiyah IAID secara resmi dinegerikan menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Cabang Jember. Piagam penegerian itu ditandatangani oleh Menteri Agama (Prof. KH. Saifuddin Zuhri). Momentum tersebut disaksikan oleh saksi-saksi yang merupakan representasi dari seluruh segmen masyarakat, yaitu: Dandim 0824, Danres Kepolisian, Kepala Kejaksaan, Ketua Pengadilan Negeri, Rektor Universitas Jember, Dekan IKIP Malang Cabang Jember, Ketua Partai NU, Ketua Partai PSII, Ketua Muhammadiyah dan kalangan yang mewakili Alim Ulama Kabupaten Jember. Dengan demikian, IAIN Jember berdiri secara formal pada hari Senin 30 Syawal 1385 bertepatan dengan tanggal 21 Pebruari 1966.
Berikutnya, pada tahun 1997 terjadi perubahan status dari Fakultas Tarbiyah Jember IAIN Sunan Ampel menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Jember berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997. Saat itu, STAIN Jember memiliki tiga jurusan menghimpun beberapa program studi. Jurusan Tarbiyah mewadahi prodi Pendidikan Agama Islam, Pendidikan Bahasa Arab. Jurusan Syariah mewadahi prodi Al-Ahwal al-Al-Syakhsiyah dan Muamalah. Sementara, Jurusan Dakwah (kemudian berubah menjadi Ushuluddin dan Dakwah) mewadahi prodi Tafsir Hadits dan Komunikasi dan Penyiaran Islam.
Pada tahun 2014, terjadi perubahan status dari STAIN menjadi IAIN Jember yang memungkinkan pengembangan keilmuan agama Islam lebih luas. Berdasarkan Peraturan Presiden nomor 142 tahun 2014, IAIN Jember disahkan.
IAIN Jember memiliki lima fakultas sebagai pengembangan/ pemekaran dari jurusan-jurusan sebelumnya, yaitu: Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan; Fakultas Syariah, Fakultas Dakwah; Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam; dan Fakultas Ushuluddin, Adab dan Humaniora.
Para tokoh yang telah memimpin IAIN Jember (sejak awal sejarah IAID dan Fakultas Tarbiyah Jember IAIN Sunan Ampel) adalah sebagai berikut: KH. Sodiq Machmud, SH. (1965-1973), Drs. H. M. Iljas Bakri (1973-1983), Drs. H. Sahilun A. Nasir (1983-1991), Drs. H. A. Nizar Hasjim (1991-1997), Drs. Satral (1998-2000), Drs. Mahjuddin (2000-2004), Prof. Dr. Moh. Khusnuridlo, M.Pd (2004-2012), dan Prof. Dr. H. Babun Suharto, SE.,MM. (2012-sekarang).
Dengan berubahnya status menjadi IAIN Jember tersebut (2014), maka berdiri pula Fakultas Ushuluddin, Adab dan Humaniora sebagai pemekaran dari Jurusan Ushuluddin dan Dakwah pada era STAIN Jember. Dengan menyandang nama tambahan berupa “Adab dan Humaniora, maka fakultas ini memiliki kewajiban mengembangkan keilmuan tidak hanya pada ilmu-ilmu Ushuluddin/Keislaman, tetapi juga pada ilmu-ilmu susastra dan humaniora lainnya. Oleh karenanya, Fakultas Ushuluddin, Adab dan Humaniora IAIN Jember menyelenggarakan empat prodi, yakni Ilmu al-Qur’an dan Tafsir, Ilmu Hadits, Bahasa dan Sastra Arab, dan Sejarah Peradaban Islam.
Pada periode tahun 2015-2019, Fakultas ini dipimpin oleh Dr. H. Abdul Haris, M.Ag. sebagai Dekan. Periode berikutnya, 2019-2023, Fakultas ini dipimpin oleh Dr. M. Khusna Amal, M.Si.
Dilihat dari sejarah UPPS tersebut di atas, maka sejarah berdirinya prodi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir telah dimulai sejak era STAIN Jember, khususnya pada Jurusan Dakwah. Prodi ini mulai dibuka secara resmi pada tahun 2007 dengan nama Tafsir Hadis [TH] berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Kemenag RI Nomor Dj.I/494/2007 tanggal 17 Desember 2007. Penyelenggaraan prodi ini kemudian diperpanjang dengan SK Dirjen Pendidikan Islam Nomor Dj.I/690/2009 tanggal12 Nopember 2009, dan diperpanjang lagi dengan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomer: 561 Tahun 2012 tanggal 15 Mei 2012.
Pada tahun 2012 terjadi perubahan nama Prodi dari Tafsir Hadis menjadi Ilmu al-Qur’an dan Tafsir merupakan akibat dari perubahan nomenklatur di Kementerian Agama sesuai dengan surat Edaran Dirjen Pendidikan Islam Nomor Dj.I/Dt.I.IV/PP.00.9/2012 terkait dengan Peraturan Direktur Jendral Pendidikan Islam Nomor : 1429 Tahun 2012 tentang Penataan Program Studi di Perguruan Tinggi Agama Islam Tahun 2012.
